Aunque sostiene que la autoridad de Jalisco no forma parte del conflicto en el aeropuerto, el secretario general de Gobierno Roberto López Lara dio a conocer que se ha abierto una mesa de trabajo para que en ella tanto la Secretaría de Comunicaciones y Transportes como los ejidatarios de El Zapote, procuren llegar a un convenio. La sentencia de la autoridad judicial está dada y se tendrán que pagar dos mil 600 millones de pesos por las 307 hectáreas de que hace más de 40 años despojaron a los campesinos para fincar lo que ahora es el aeropuerto de Guadalajara. En tanto los campesinos sostienen que no levantarán el bloqueo en el Aeropuerto Libertador Miguel Hidalgo, en tanto no se llegue a un acuerdo con la SCT.

La Secretaría de Comunicaciones y Transportes, una vez perdido el caso, y para tratar de pagar menor dinero del que se le ordena, promovió ante la autoridad federal una Aclaración de Sentencia.

El gobierno de Jalisco sí se encuentra preocupado por el conflicto, ya que ha causado perjuicio a miles de usuarios del aeropuerto, tanto locales como nacionales e internacionales, y afecta considerablemente al turismo entrante y saliente.