El proceso para crear la junta intermunicipal del río Ayuquila, se remonta a la creación de la reserva de la biosfera de la Sierra de Manantlán, hace tres décadas, pero ahora es un modelo con vida propia que ha sido base para la gestión del territorio en todo Jalisco y otros estados del país. Su consolidación institucional fue apenas en 2007. Hoy reclama una transformación para ampliar sus capacidades y poder incidir a fondo en el destino de las regiones.